新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要。鉴于结核性脑膜炎、脑脓肿、部分治疗的化脓性脑膜炎、颅内肿瘤、其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点。
1、皮肤隐球菌病：借损害特征、病理及真菌培养而与粉刺、传染性软疣、皮肤结核、孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。
2、肺部隐球菌病：应与肺炎双球菌引起的大叶性肺炎、肺结核及肺念珠菌病、肺曲霉病等肺部感染疾病相鉴别。
3、其他隐球菌病：皮肤隐球菌病应与孢子丝菌病、着色芽生菌病及各种慢性溃疡相鉴别，骨隐球菌病应与骨肿瘤相鉴别。隐球菌性败血症应与细菌性败血症相鉴别。
