小儿溃疡性结肠炎病因尚不明确，目前较一致的观点认为，在本病的发病中，既有免疫因素，又有遗传因素存在，而其他各种因素多是诱发因素，可能有以下多种原因：
1、自身免疫原因：溃疡性结肠炎常并发自身免疫性溶血，类风湿关节炎，红斑狼疮，桥本病，虹膜炎等，且用肾上腺皮质激素类药物或其他免疫抑制剂治疗有效，因此考虑本病可能为一自身免疫性疾病。
2、感染原因：一些患儿用抗生素治疗有效。
3、饮食过敏原因：某些食物可使病变复发，去除这些饮食后使病情可缓解。
4、遗传原因：患者家族中有15％～30％发病者。
5、精神因素：临床多发现有些患儿伴有焦虑，紧张，多疑以及自主神经紊乱的表现，精神治疗可收到一定效果。
