奈瑟菌脑膜炎可用疫苗进行预防。疫苗接种主要用于流行区，可能暴露于致病菌的人群均可使用疫苗。家庭成员、医护人员、与患者密切接触的人员可用利福平，米诺四环素之类抗生素进行预防。所有的儿童均应常规接种流感嗜血杆菌B型疫苗，以预防儿童期最常见的脑膜炎。
