儿童过敏性鼻炎的病因较为复杂，目前认为与过敏体质遗传及室内外过敏原的接触有关。常见的过敏性鼻炎发作刺激物主要有尘螨、花粉、真菌、动物皮毛、油漆、家庭装修中的甲醛等，此外许多食物均可引起过敏。
过敏性鼻炎属于I型变态反应，过敏体质的儿童在吸入过敏原后引发一系列的特殊化反应，使鼻黏膜处于致敏状态，当致敏原再次吸入鼻腔时，激发鼻黏膜明显的组织反应，发生充血、水肿和因介质释放引起的浆液性及黏液性分泌物增加，所有这些可导致不同程度的鼻阻塞、流鼻涕、鼻发痒、打喷嚏等过敏表现，并随着时间推移，鼻黏膜对致敏原日益敏感，致病情逐年加重。
