肛窦炎的两大并发症分别是：1、肛乳头炎;2、肛乳头肥大。
肛窦炎术后常见的并发症肛窦炎术后常见的并发症除有尿潴留外，还有以下几种：
①出血：术后一般无大出血，如为单纯性渗血，可用纱布填塞法止血，必要时可局部加用肾上腺素;也可用云南白药撒创面或用明胶海绵加压止血。
②感染：肛门部污染的机会很多，但由于血运丰富，创口真正感染的情况并不多见。术后经常坐浴，合理清洁地换药，可加速创口正常愈合。
③粪嵌塞：由于肛窦炎术后，排便可刺激引起肛门疼痛，因而患者有意控制排便，使粪便在直肠内形成了嵌塞。处理方法很简单，用38℃生理盐水灌肠即可。
