慢性骨髓炎因局部血供较差，应用抗生素难以进入病灶，因而药物治疗的效果欠佳。目前，小儿慢性骨髓炎主要依靠外科手术治疗，包括摘除死骨、切除窦道、清除肉芽组织、消灭无效腔和改善局部血液循环。采取外科治疗的同时，尚需应用抗生素治疗。有人主张大剂量口服抗生素，持续6～12个月，以消灭残存的细菌。
