贫血为先天性纯红细胞再生障碍性贫血的主要临床表现，患者可表现为耳鸣、头痛、失眠、皮肤苍白、食欲减低等。大约35％患儿出生时即表现有贫血。先天性纯红细胞再生障碍性贫血另一显著临床表现为与Fanconi贫血(FA)近似，有较之更轻的先天性体格发育畸形。约1/4患儿合并轻度先天异常，如斜眼、乳头内缩、蹼状颈和手指、肋骨的异常。
