新型隐球菌性脑膜炎在治疗时，常用以下药物：
1、两性霉素B
两性霉素B是目前公认的首选药，能与真菌细胞膜上的麦角甾醇结合，增加细胞膜的通透性，使菌体内物质外渗，导致真菌死亡。
2、氟康唑
氟康唑通过抑制细胞色素P依赖酶，抑制细胞膜麦角甾醇的生物合成而发挥杀菌作用。本药可口服或静脉滴注，每天200mg～400mg。
3、5氟胞嘧啶
5氟胞嘧啶通过阻断核酸合成，抑制真菌生长。
本病一经确诊，需立即抗真菌治疗。另外，对颅内压增高者，应用甘露醇及呋塞米(速尿)等脱水剂。颅内脓肿或肉芽肿可考虑手术切除。严重脑积水可行脑脊液分流术，并加强全身营养支持疗法。
