小儿无菌性脑膜炎综合征的治疗主要为对症支持治疗。注意休息、营养。对体弱年幼小儿，支持疗法很重要。加强护理，防治继发感染。有惊厥者应给予镇静药。若无菌性脑膜炎综合征是由细菌感染引起，应给予特效的抗生素治疗。动物实验证明激素可加重肠道病毒感染，故不主张用激素。病毒引起者，在早期可使用干扰素治疗。
