一、病原体检查
新鲜腹泻便中可发现滋养体，糊状便和成形便中多为包囊，粪便直接生理盐水涂片即可找到滋养体；以碘液染色后可使包囊易于识别，硫酸锌漂浮法等浓缩法可提高包囊检出率，粪便检查应三送三检，三检阳性率可提高到97％，十二指肠引流物，小肠黏液或活检组织均可查到虫体。
二、免疫学试验
可分为检测血清内抗体和粪抗原两类。
1、检测抗体
自从蓝氏贾第鞭毛虫纯培养成功后，由于高纯度抗原制备已成可能，故大大提高了免疫诊断的灵敏性与特异性，我国已建立两株蓝氏贾第鞭毛虫培养，为国内开展免疫诊断提供了条件，酶联免疫吸附试验(ELISA)和间接荧光抗体试验(IFA)检查患者血清抗体，前者可达75％～81％阳性，后者可达66.6％～90％阳性。
2、检测抗原
可用酶联免疫试验(双夹心法)，斑点酶联免疫吸附试验(Dot-ELISA)，对流免疫电泳(CIE)等检测粪稀释液中抗原，双夹心法ELISA阳性率高达92％，Dot-ELISA也可达91.7％，CIE则可达94％，检测粪抗原不但可用于诊断，也可以考核疗效。
三、分子生物学诊断
近年有用聚合酶链反应(PCR)检测蓝氏贾第鞭毛虫核糖体RNA(rRNA)基因产物，可检测出相当于一个滋养体基因组DNA量的扩增拷贝，也可用放射性标记的染色体DNA探针检测滋养体和包囊，分子生物学方法具有高特异性灵敏性，因而有广阔的应用前景。
