一般认为心脏粘液瘤起源于心内膜下的多潜能的间质细胞，该细胞在形态学上与房间隔卵圆窝处胚胎残留细胞相似，可分化为内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞、骨及骨髓组织，产生无定形酸性粘多糖，构成粘液瘤的组织成分。极少数粘液瘤可发生恶变，成为粘液肉瘤。
