Whipple病是一全身性疾病，应该做的检查有红细胞沉降率(ESR)、类风湿因子（RF）、风湿病化验检查项目、血常规、四肢的骨和关节平片。淋巴结活检或肠粘膜活检出现含有糖蛋白(可被PAS染色)的泡沫状巨噬细胞，便可确立诊断，也可行细菌培养。空肠组织在其他方面可能正常或出现绒毛束集成棒状，淋巴管扩张甚或绒毛部分萎缩。电子显微镜检查可见PAS阳性物质乃是一堆杆状的细菌。
