透明细胞软骨肉瘤非手术治疗中放疗通常认为无效，偶尔用作临时的姑息治疗，只能用于减轻疼痛。透明细胞软骨肉瘤化疗通常无效。手术治疗主要有刮除植骨术、广泛的大块切除术、瘤段切除术和截肢术。
1、刮除植骨术
由于单纯刮除病变的成功率很低，所以，不论在组织学方面肿瘤处于何级，均无采用此种手术方法的指征。只有处于软骨瘤和I级中央型软骨肉瘤之间的病例可行扩大的病灶内切除术，并联合使用局部辅助治疗，如石碳酸、95％酒精、液态氦等进行瘤壁灭活，或应用骨水泥填充。
2、广泛的大块切除术
对ⅠA或ⅠB期肿瘤，体积较小，有清晰的外科边界，可行广泛性大块切除，切除应包括瘤体周围反应区，必须进行广泛、彻底的切除术，肿块边缘切除后复发的危险性极大，且复发会增加组织学上的恶性程度。肿瘤切除后可应用自体骨或异体骨移植重建。
3、瘤段切除术
对ⅡA或ⅡB期肿瘤，应行广泛的瘤段切除术。骨缺损可采用自体骨或异体骨移植重建，近关节部位肿瘤切除后可采用异体半关节移植、人工假体置换等。桡骨远端、肱骨近端肿瘤切除也可行吻合血管腓骨头移植重建。
4、截肢术
对于软组织肿块特别巨大，特别是III级中央型软骨肉瘤及所有“未分化”的软骨肉瘤可考虑截肢。当软骨肉瘤切除后，软组织中出现复发时，肿瘤无明显界限，一般不能经整块切除治疗，须行截肢手术。
