森林脑炎常见并发症为支气管肺炎，多见于昏迷或延髓麻痹的患者，此外为心肌炎及唇疱疹瘫痪，精神失常，失语，痴呆，癫痫等，肌肉瘫痪最为多见，多为一侧上肢瘫痪或双上肢瘫痪。 后遗症主要是脑及延髓病变后所遗留的肌肉瘫痪、精神失常、失语、痴呆、癫痫等。肌肉瘫痪最为多见，多为一侧上肢瘫痪或双上肢瘫痪。
