膈下脓肿患者的脓肿部位可有持续钝痛（是指一种性质与刺痛、刀割样痛相反，而呈不太尖锐的疼痛，钝痛也常见于内脏炎症或癌性疼痛等，如膈下脓肿引起的疼痛，但程度较隐痛剧烈）．深呼吸时往往有加重的表现。疼痛常位于近中线的肋缘下或剑突下。
脓肿位于肝下靠后方可有肾区痛，有时可牵涉到肩、颈部。脓肿刺激膈肌可引起呃逆。膈下感染可通过淋巴引起胸膜、肺反应，出现胸水，咳嗽、胸痛。脓肿穿破到胸腔发生脓胸。近年由于大量应用抗生素，局部症状多不典型。严重时出现局部皮肤凹陷性水肿．皮肤温度升高。患侧胸部下方呼吸音减弱或消失。右膈下脓肿可使肝浊音界扩大，约有10％-25％的脓腔内含有气体，患者患有膈下脓肿可感到局部弥漫性肿胀，疼痛及压痛，波动不明显，若临床行试验穿刺可抽出脓液，同时也可作超声波或放射X线后协诊。
