鹦鹉热衣原体肺炎的并发症近年已不多见，但如心肌炎、肝炎、脓胸、栓塞性静脉炎等仍需注意。各病变部位可发生实变、出血，严重时发生组织坏死。此外，肝、脾可肿大，局部坏死，心、肾、大血管、神经系统、消化道等均可受累。
