彼得异常的病因尚不完全了解，但从组织病理学和电镜发现不同的改变，认为不是单一原因。有人认为通过羊水或胎盘获得子宫内角膜炎，导致角膜穿孔，使虹膜-晶状体隔前移，造成角膜后缺损、角膜白斑及角膜晶状体及虹膜角膜粘连。在伴有晶状体异常的患者，可能是由于晶状体泡与表层外胚层分化不完全所致。
