根据其发病部位的区别，念珠菌病的症状分别如下：
1.黏膜皮肤念珠菌病
鹅口疮或口咽念珠菌病的表现为舌部、颊黏膜、腭部或其他口腔黏膜表面，呈现奶油白色的凝乳状渗出性斑片。这些斑片实际是假膜，拭除假膜可见出血并感疼痛的鲜肉状红斑，牙列参差不齐可为其诱因，而红斑则可为病变的惟一标志。急性或慢性口角炎症反应性唇损害和萎缩性病变，均非口咽念珠菌病的常见表现。念珠菌食管炎可因鹅口疮的扩延而引起，但约有1/3的食管炎患者可无鹅口疮，其典型表现为吞咽疼痛、咽下困难或胸骨后疼痛，而出血者则罕见，在无任何已知诱因的情况下，出现鹅口疮或食管炎者，应高度怀疑为HIV感染，累及胃、大小肠黏膜的胃肠道念珠菌病，以癌肿患者为最常见，并为播散性感染的主要来源，累及温湿皮肤表面诸如腋窝、臀部、乳房下皱襞以及腹股沟等处皮肤念珠菌属感染引起的褶烂，其外观表现不一，但多呈边缘清楚的红斑渗出性斑片，外周有小水疱或小脓疱似卫星状围绕，甲沟炎为指甲底部或沿其边缘痛、胀、红、肿的炎症，多由念珠菌属菌种致病，尤以糖尿病患者和从事双手长期浸泡水中的工作者为甚。虽然念珠菌属菌种可引起甲癣，但此种使指(趾)甲慢性变形的感染，则以浅表皮肤真菌类，如毛发癣菌属或表皮癣菌属致病者最为常见。外阴阴道炎为妇女最常见的念珠菌属黏膜皮肤感染，尤以妊娠期、口服避孕药、接受抗生素治疗、糖尿病和HIV感染者为甚，致病菌主要为白色念珠菌，临床表现以浓稠奶油样阴道分泌物、阴唇红斑和奇痒为特征。男性龟头炎往往由性交而感染，通常表现为龟头部出现浅表性小水疱和渗出性斑片、念珠菌膀胱炎、膀胱镜检类似口腔鹅口疮，为膀胱留置导管最常见的并发症。慢性黏膜皮肤念珠菌病为罕见疾病，通常由持续存在异种基因组的毁容性念珠菌属感染所致，累及皮肤、黏膜、毛发和指(趾)甲，主要见于T-细胞功能改变或内分泌病患者(例如甲状旁腺功能减退或肾上腺功能减退)。
2.深部器官念珠菌病
严重或深部念珠菌属感染，存在多种诊断分类或命名，诸如念珠菌血症、播散性念珠菌病、全身性念珠菌病、侵袭性念珠菌病、内脏念珠菌病以及指明特殊器官受累的命名，如肝脾念珠菌病和眼念珠菌病等。
3.念珠菌血症
念珠菌血症的定义为念珠菌属菌种血培养一次或多次阳性，可出现或不出现临床表现(例如发热或皮肤病变)且念珠菌属已先在除血流外的某部位定居或感染。近年来随着免疫受损宿主(例如癌症或烧伤患者、重症监护病房患者和接受器官移植者)采用侵袭性介入治疗，包括经验性应用广谱抗生素、细胞毒药物化疗、血液透析以及最主要的尚有动、静脉插管和其他血管留置器安装的人数增加，念珠菌血症的发病率已明显升高。在许多医院，念珠菌属菌种血培养阳性已占最常见致病菌的1/3～1/5，既往“一过性念珠菌血症”用于表达真菌血症的持续时间短(
4.播散性念珠菌病
其皮肤病变与持续性念珠菌血症相关的特征性皮肤病变，在红斑性基底上出现丘疹脓疱和粗大结节，此种病变通常遍及躯干和四肢，出血性大疱亦已见有报道。
5.眼念珠菌病
此种局限性念珠菌病，可由血源性传播引起或直接接种所致(例如白内障摘出或眼内晶体植入后)。眼部任何结构均可被感染，以内眼炎呈爆发性表现为最，可导致失明。内眼炎以单个或多发性绒毛白色棉球状脉络膜视网膜病变，并常扩延至玻璃体为特征，上述病变检眼镜检查容易识别，故对已知的所有念珠菌血症患者，均应反复做眼底检查。
6.肾脏念珠菌病
肾脏感染可能继发于膀胱(念珠菌膀胱炎)的上行性蔓延，导致乳头坏死，肾盏被侵袭或者在输尿管或肾盂形成真菌球，肾脏念珠菌病以继发于已证实或未证实念珠菌血症患者的血源性播散者更为常见，表现为肾盂肾炎，伴有皮质和髓质弥漫性脓肿。念珠菌血症、念珠菌尿和尿沉渣管型中见有念珠菌三联征，可供作上泌尿道感染的拟诊依据。
7.肝脾念珠菌病
本型深部脏器感染最常发生于恶性血液病患者，特别是经长期化疗导致中性白细胞减少的缓解期白血病，大多数患者的感染来源，为并发于胃肠道念珠菌病的门脉真菌血症通常不存在已证实的念珠菌血症或其他器官病变的证据，以持续性原因不明发热，右上腹压痛和疼痛，碱性磷酸酶水平升高，腹部超声检查或CT扫描，肝脾可见散在多发性“公牛眼”样病变为特征，肝活检发现有特征性组织病理学损害，可确立诊断。
8.肺念珠菌病
重症监护病房接受机械通气的重病体弱患者，真正由念珠菌属菌种引起的肺炎罕见，而由酵母菌型念珠菌寄生于气管支气管系统者则普遍存在，故诊断应以酵母菌型侵入肺实质的组织病理学证据为基础。
9.心脏念珠菌病
播散性念珠菌病常并发念珠菌心肌炎(>50％病例)，偶尔并发心包炎，念珠菌属是真菌性心内膜炎最常见的病因。对介入性心脏修复，静脉吸毒和长期中心静脉插管用于化疗，高能营养或血流动力学监测的患者，均应怀疑有真菌性心内膜炎的可能。由于心瓣膜真菌性赘生物大而易碎，因而累及中枢神经系统(CNS)，冠状动脉和外周大动脉较大的栓塞意外事件时有发生。
10.中枢神经系统念珠菌病
念珠菌脑膜炎和大脑微小脓肿或大型脓肿，多合并存在播散性念珠菌病，且经常属于由频繁静脉吸毒或脑室分流感染所引起的并发症，以脑脊液细胞数增加(多以淋巴细胞增加为主)、葡萄糖量减少、蛋白增高为典型表现。
11.肌肉骨骼念珠菌病
在中性白细胞减少的患者，表现为肌炎(脓肿)，而在静脉吸毒者则表现为肋软骨炎、关节炎和骨髓炎(尤其好发于脊椎骨和椎间盘)。
