急性期淋球菌经尿道口进入尿道，侵入前尿道黏膜上皮细胞，并在细胞内繁殖，造成急性炎症。有大量白细胞聚集在炎症部位，细菌被白细胞吞噬，细菌死亡放出内毒素，以致尿道黏膜层发生坏死、产生大量脓性分泌物，由尿道口排出，后期则病变向后尿道扩散导致尿道球腺炎、前列腺炎，并可经射精管逆行发生精囊炎。
