流行性出血性结膜炎的治疗主要是对症治疗，局部应用抗RNA病毒或广谱抗病毒药物，如干扰素、利巴韦林等可有效，如合并细菌感染，可合用抗生素滴眼液滴眼。 本病预后一般良好，不引起角膜后遗症。仅极少数病例并发瘫痪性疾患，导致长期性瘫痪与肌萎缩等后遗症。
