甲亢的药物治疗临床上分三期：
控制期在甲亢开始治疗时，他巴唑或丙基硫氧嘧啶（简称丙基）每日6～9片，病情严重者可加量至每日9～20片，两周后甲状腺激素水平开始下降，2～3个月后甲亢症状可得到有效控制。
减量期甲亢控制后，药物要及时减量，每2～4周减量一次，每次减量至原药量的1/3～1/4，整个减量期约需2～4个月。
维持期当药物减至他巴唑或丙基每日1～2片、甲状腺功能维持在正常范围时，仍需要坚持服药，整个疗程需1～2年，最后由医生根据临床停药指标决定是否停药。
甲亢的药物治疗复发率约为50％，多发生在停药后一两年后，多数与患者在治疗过程中擅自停药或随意更换其他方法有关。最常见的原因是药量不足，疗程不够，病情好转就停药，病情加重再服药，如此可使甲亢长期难愈，易复发。一些诱因也可导致甲亢复发，如感染、外伤、精神生理因素、饮食不适等。故甲亢的药物治疗贵在坚持服药，定期复诊，及时调整药量，不可急于求成而擅自更改或停止用药。
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