慢性溃疡性结肠炎在急性期应尽快控制炎症。肾上腺皮质激素能抑制炎症和免疫反应，缓解毒性症状，近期疗效较好，一般适用于急性发作期或暴发型病例。如口服泼尼松、地塞米松，也可用氢化考的松或琥珀酰氢化考的松静脉滴注或灌肠。而急性发作得到控制后，缓解期的维持治疗就显得极为重要。
一般来说，急性期治疗不应少于4周，缓解期治疗至少要6个月，维持治疗时间一般不少于1年。在缓解期和维持治疗期，西医通常采用柳氮磺胺吡啶，它对肠壁有特殊的亲和作用，抑制前列腺素-E合成，从而控制炎症反应和腹泻，但可能会有恶心、消化不良、呕吐和头痛等不良反应。
也可用中药治疗，如陈李济的补脾益肠丸，以特殊的“胃肠分溶型双层丸”先进工艺制作，一方面发挥全身作用，补气健脾，另一方面加速肠内炎症或溃疡组织的修复、愈合。另外，防止溃疡性结肠炎复发，除系统合理的综合治疗，还应保持心情舒畅，注意饮食有节，戒除烟酒，忌食辣椒、生冷食品，起居有常，避免劳累。
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