皮肤鳞状细胞癌的诊断并不难，根据典型的临床表现并结合组织病理学检查一般可作出明确诊断。应用抗前角蛋白和抗角蛋白单抗体进行免疫过氧化酶染色，或在电镜下观察到张力细丝也可协助诊断。
本病应与角化棘皮瘤、基底细胞上皮瘤及其他恶性皮肤肿瘤进行鉴别，鉴别诊断多依靠早期活检并进行组织病理检查。Ⅰ级皮肤鳞状细胞癌需与假癌性增生及角化棘皮瘤等疾病相鉴别；Ⅱ级、Ⅲ级鳞癌的诊断相对容易；Ⅳ级鳞癌应与梭形细胞肉瘤及无黑色素性恶性黑色素瘤相鉴别。
角化棘皮瘤的皮损表现为质地较硬、圆顶性结节，中央有结痂呈脐窝状，生长快，部分皮损可于数月后自然消退。组织病理学特点为棘层肥厚，中心角化团块开口于表面，似火山口，火山口周围表皮边界呈唇样突出，有嗜酸性淡染胞质较大的鳞状细胞伸向真皮，但未脱落入真皮。
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