鼻咽癌因其症状与其他一些鼻咽部疾病相似，所以容易造成混淆，特别是下面这4种。
鼻咽部淋巴肉瘤
淋巴肉瘤好发于青年人。原发肿瘤较大，常有较重鼻塞及耳部症状，淋巴结转移不单局限在颈部，全身多处淋巴结均可受累，颅神经的损伤不如鼻咽癌多见，需要病理确诊。
增生性病变
鼻咽顶壁顶后壁或顶侧壁见单个或多个结节隆起，如小丘状大小，约0.5～1cm。结节表面黏膜呈淡红色，光滑，多是在鼻咽黏膜或腺样体的基础上发生，也可由黏膜上皮鳞状化生后角化上皮潴留而形成表皮样囊肿的改变，部分是黏膜腺体分泌旺盛形成潴留性囊肿，当结节表面的黏膜出现粗糙糜烂、溃疡或渗血时，需考虑癌变的可能，应予活检以明确诊断。
鼻咽部结核
患者多有肺结核病史，除鼻阻涕血外，还有低热、盗汗、消瘦等症，检查见鼻部溃疡，水肿颜色较淡；分泌物涂片可找到抗酸杆菌，可伴有颈淋巴结核；淋巴结肿大呈马铃状，粘连无压痛，颈淋巴结穿刺可找到结核核菌，CT试验强阳性，X线胸片常提示肺部活动性结核灶。
咽黏膜炎症
表现为黏膜粗糙，尤其是重度炎症时，鼻咽黏膜滤泡增殖，表面凹凸甚至可呈桑椹样，附有脓性分泌物，常需与黏膜浸润性鼻咽癌相鉴别。
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