诊断卵巢囊肿要明确鉴别其属恶性还是良性，主要通过以下几种检查，测出其是否存在肿瘤标志物。
1、超声检查
超声检查是一种较为简单有效的诊断方法，如囊肿为良性，超声波下可清晰见到单侧囊性组织；如囊肿为恶性，一般超声波下局部病灶的边界不清，且多有分隔，并伴有腹水。另外，超声检查还可检测肿块的部位、大小、形态以及性质，不仅可提示肿瘤的囊性或实性，还可鉴别囊肿的良性或恶性，为后续治疗方案的治疗打下良好基础，是一个重要的参考指标。
2、放射检查
放射检查主要包括腹部平片、静脉肾盂造影、吞钡放射检查以及淋巴造影检查4个诊断项目，以初步鉴别囊肿的良、恶性，并可判断囊肿是否存在肝脏、肺脏或腹膜后淋巴结的转移，对病情的发展可做出充分预测，为后续的治疗提供有力依据。
3、腹腔镜检查
腹腔镜检查可直接看到肿物的大体状况，并可清晰观察整个盆腹腔，在可疑部位进行多点活检，并吸收腹液进行细胞学测定，以明确诊断囊肿的良、恶性，对后续治疗可起到一定指导作用。
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