再生障碍性贫血患者由于多病因导致的骨髓造血功能低下，常伴有外周血白细胞计数减少，白细胞是人体抵御外界病原菌的重要组织，白细胞减少会导致严重的感染。因此，再生障碍性贫血患者应做好防护，有感染迹象时应及时抗菌治疗。
再生障碍性贫血患者日常要做好个人卫生，对白细胞缺乏者应尽可能入住无菌层流室，做好室内消毒，加强口腔和肛门的无菌护理，每日应用漱口水漱口以减少口腔感染的机会。患者进食的食物应注意清洁卫生，防止消化道感染，日常应多饮水，保持足够的尿量冲刷尿道，防止泌尿系统感染。
感染的常见部位为呼吸道、消化道、皮肤黏膜及泌尿道，感染的细菌包括革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌，球菌、杆菌等，如大肠杆菌、肺炎球菌、绿脓杆菌、表皮葡萄球菌。局部感染会由于未能及时控制而扩展至全身，引发脓毒血症、败血症等。部分患者还可能合并厌氧菌及真菌感染。再障患者出现感染迹象后应立即进行检查，确定感染部位和病原菌。在未找到明确致病菌之前，可以经验性选择高效抗生素，以后再根据病原菌及药敏试验结果进行调整。患者应用抗生素应早期、足量、联合，确保抗感染疗效。
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