再生障碍性贫血患者在进行造血干细胞移植时，一般采用静脉输注的方式将配型成功的造血干细胞输注入患者的体内。移植用造血干细胞可能来源于外周血液、骨髓和脐带血，不同来源造血干细胞虽均采用静脉输注的方式移植，但其过程不完全相同。
再障患者在输注新鲜骨髓造血干细胞前，需要给予少量激素治疗，如氟美松5毫克，且输注的时间不宜超过三个小时。由于骨髓中含有较多的脂肪颗粒，可能引起肺栓塞，因此在骨髓干细胞输注最后的10毫升骨髓应丢弃不用。另外需要注意的是，输注的骨髓需要采用肝素抗凝，并同时在另一静脉通路输注鱼精蛋白以中和肝素。
输注新鲜外周血干细胞时，应采用去掉滤网的输血器，以防止干细胞黏附。输注前需要给与少量糖皮质激素以防止过敏反应的发生。输注过程中护理人员需要密切观察患者，出现不良反应应及时给予对症处理。
脐带血造血干细胞一般都是在液氮容器中冷冻保存的，在输注前需要进行水浴解冻，然后不加热和处理即刻从静脉快速输注给患者，输注过程需在十分钟之内完成。
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