再生障碍性贫血患者由于粒细胞生成减少，对于外界病原菌的抵抗能力下降，感染后机体对于病原菌的杀伤力较弱，因此容易出现反复发作。当再生障碍性贫血患者出现感染，即使没有任何疾病的症状，也需要考虑感染灶的存在，必要时应积极抗炎治疗。
1病毒患者不宜使用抗生素。除肯定为细菌引起或有细菌继发感染外，一般不采用抗生素。
2严重的细菌感染者，应尽早分离出其病原菌并测定药敏，再根据药敏结果选择适用的抗生素。
3感染原因不明者不宜使用抗生素，尽可能作出病原学诊断，再根据疾病情况考虑在细菌培养和药敏试验完成后再使用抗生素。
4应避免在皮肤、黏膜等局部使用抗生素，易引起过敏反应和产生耐药性，有碍于这些抗生素药物日后的全身应用。
5避免无针对性地以抗生素作为预防感染的手段，预防性应用抗生素，若目的在于防止某一种特殊细菌侵入人体或血液循环中而发生感染，可获得相当效果，若其目的在于防止多种细菌的侵入而发生感染，常劳而无功。
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