生殖器疱疹的诊断要点包括有不洁性交史或配偶有感染史；生殖器部位出现多个丘疹、小水疱或脓疱继而糜烂或溃疡，损害有瘙痒或疼痛；实验室检查HSV阳性反应。
生殖器疱疹应同以下疾病相鉴别：（1）龟头包皮炎：潮红、糜烂，但很少出现水疱，可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。（2）一期梅毒（硬下疳）：一期梅毒有生殖器糜烂，但在暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应阳性。（3）淋病：也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
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