肾盂肾炎与膀胱炎虽然是两种不同器官组织的疾病，但有时候会有共同的泌尿系统症状：即明显的尿道刺激症状，尿频、尿急、尿痛，实验室检查都可见尿中有白细胞和红细胞，尿细菌检查均为阳性。所以，作好两者之间的鉴别诊断，对治疗尤为重要。
首先，肾盂肾炎以女性发病者居多，患病者一般有尿路结石梗阻病史或呈现膀胱-输尿管反流;而急性膀胱炎没有性别、年龄的区别，男女均可发病。女性患膀胱炎的病因多与妇科炎症有关，男性则是与在前列腺疾病基础上饮酒有关。
其次，肾盂肾炎发病率要远远低于膀胱炎。肾盂肾炎发病时往往有非常明显的全身症状，主要以体温升高、白细胞总数和中性粒细胞升高为典型特征，患者常伴发热、畏寒、筋骨酸痛、头痛、恶心等症状。然而膀胱炎除有严重的尿路刺激征(尿频、尿急、尿痛)和排尿时有强烈的尿道烧灼感以外，并无很明显的全身症状，只要身体没有其他病患，血常规显示无明显异常，膀胱炎患者完全可以照常工作和学习。
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