目前尚无特效药物根治生殖器疱疹，治疗目的是缓解症状，缩短病程，防止继发感染，减少复发。
(1)一般治疗：保持局部清洁干燥，防止继发细菌感染，每天需用生理盐水清洗2次，吸干，尽量避免水疱破溃。如有化脓感染，则需适当使用抗生素软膏。局部止痛可用局麻药物，严重者需口服止痛药。女性复发性生殖器疱疹需到妇产科检查，包括定期宫颈涂片检查有无宫颈癌变。
(2)抗病毒治疗：目前首选药物为阿昔洛韦(无环鸟苷)，能抑制病毒复制，副作用小，口服或静脉滴注，同时可用无环鸟苷软膏外搽局部损害。
(3)免疫刺激剂治疗：左旋咪唑可以提高T细胞功能，口服左旋咪唑有一定的疗效。转移因子肌内注射也有一定疗效。
(4)理疗：用氦氖激光照射，可促进愈合，缩短病程。
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