治疗生殖器疱疹，迄今还没有特效药物，治疗可减轻症状，抑制复发，但不能根除潜伏病毒感染。常用的治疗方法有3种：
1、药物治疗首选无环鸟苷，此药可减轻全身症状和疼痛，缩短病程，一般口服即可，严重者可静脉注射。其次是异丁苯丙酸，有抑制疱疹病毒的作用，口服用药。然后是病毒唑或病毒灵(吗啉呱)或阿糖胞苷，可减轻症状，均可根据病情选用。
2、免疫治疗牛痘苗、卡介苗和小儿麻痹糖丸，均可用作生殖器疱疹的免疫治疗，对减少复发有一定作用。也有的使用干扰素、转移因子、胎盘球蛋白等，以提高肌体免疫力。据报道，目前正在试制疱疹病毒疫苗，以预防和减少复发。
3、局部治疗目的是防止患处感染，保持患处清洁干燥。一般用1:5000高锰酸钾坐浴或浸洗患处;也可用3%的双氧水溶液清洗患处;或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患处。使用无环乌苷、疱疹净霜、复方新霉素膏、红霉素膏外用，均有一定效果。
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