急性菌痢与沙门氏菌肠炎临床上极易混淆，两者高峰季节均在7-9月，临床上均有发热、腹泻、呕吐。但典型的菌痢与典型的沙门氏菌肠炎还有各有特点，两者在抗生素的使用上不尽相同，故必须对两者鉴别，及时处理。主要鉴别点见表4。
表4急性菌痢与沙门氏菌肠炎的鉴别
鉴别项目急性菌痢沙门氏茵肠炎
不洁食物年龄首发症状腹痛便次(次/日)大便量大便性状里急后重大便镜检(白细胞/高)大便培养蔬菜、水果1岁以内少见先泻后吐，呕吐不常见左下腹＞10少脓血粘液明显满视野志贺氏菌牛奶、蛋类、家禽、内脏1岁以内多见先吐后泻，常有呕吐脐周3―10多水样带粘液不显＜20沙门氏菌
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