不过，抗甲状腺药物也有缺点：疗程较长，一般需服药1年半至2年，有时长达数年；患者可能出现白细胞减少、皮疹和肝损害等不良反应；停药后复发率也较高。
抗甲状腺药物是许多患者治疗甲亢的首选，包括丙硫氧嘧啶、甲巯咪唑等，能抑制甲状腺激素合成，疗效较为肯定。对患者来说是方便、经济、相对安全的选择，服用后不会导致永久性的甲状腺功能减退。
不过，抗甲状腺药物也有缺点：疗程较长，一般需服药1年半至2年，有时长达数年；患者可能出现白细胞减少、皮疹和肝损害等不良反应；停药后复发率也较高。
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