小儿非感染性腹泻主要是由于喂养不当，饮食失调所致。如母乳不足或人工喂养儿，过早过多地以粥类与粉糊喂养小儿，碳水化合物过多能引起发酵产生消化紊乱。未按时添加辅助食品于断奶前突然增加食物改变食物成分，因不能适应而产生消化紊乱发生腹泻。也有由于不定时喂养，或由于食量过多过冷影响胃肠道消化功能，均可以引起腹泻。如进食过多、过少、过热、过凉，突然改变食物品种等引起，也可由于食物过敏、气候变化、肠道内双糖酶缺乏引起。
小儿感染性腹泻主要是由病毒(以轮状病毒为最多)、细菌、真菌、寄生虫感染肠道后引起。
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