本病常隐匿起病从出现临床症状至就诊的平均时间为2～3年，平均38个月。患者健康搜索的临床表现常较轻，乏力、低热、淋巴结肿大等非特异性症状常见。一些较大规模的临床调查发现，最常出现的症状为关节肿痛、雷诺现象和皮肤黏膜损害，而重要脏器如肾脏和中枢神经系统等受累者少见。在随访过程中发现，患者的临床症状可随病程及治疗而波动，多呈逐渐缓解趋势，但总体而言病情活动度变化不大。
1.皮肤黏膜病变。皮肤病变相当常见，而且疹型的表现多样，部分患者以皮疹为首发症状。
盘状红斑比在SLE患者中更为常见，约出现于约34%左右的患者。各种族中均可发现，在黑人患者中发生率更高。表现为身体暴露部位的高于皮面的红色丘疹，以头颈部最常见健康搜索。皮疹大小不等，形态不一表面多有鳞屑愈合后常遗留疤痕局部皮肤萎缩。
2.关节及肌肉病变。此病变较为常见。约37%～80%的患者可出现关节痛或关节炎的表现，平均发生率为55%，而关节炎的平均发生率为42%。多为非侵袭性多关节炎，很少有发生关节破坏畸形者。可累及全身各大小关节，包括指间关节跖趾关节下颌关节等，但以大关节炎更为常见。可伴有晨僵，但多半时间较短。关节滑液检查多提示为炎性渗出液，细胞数少，蛋白含量高时可呈黄色，细菌培养为阴性。
3.血管炎雷诺现象。血管炎雷诺现象是UCTD最常见健康搜索的临床表现之一见于约50%的患者，并可能作为惟一的临床症状持续多年表现为发作性肢端苍白、青紫和潮红，伴局部疼痛或麻木发作前多有受凉或情绪激动等诱因，数分钟或数十分钟后逐渐缓解小动脉痉挛是其病理基础。长期频繁发作者可出现局部软组织萎缩坏死等营养不良表现，严重者出现肢端骨吸收。
4.肺及心脏病变。浆膜炎最为常见，但发生率较SLE稍低，约11%，可表现为胸腔积液、心包积液或两者同时出现。病情轻重程度不等，轻症者可无明显临床表现，严重者甚至可出现心脏压塞浆膜腔穿刺检查常提示为漏出液，抗核抗体可呈阳性。
5.血液系统病变。约20%的患者有此病变可表现为白细胞、血小板减少及贫血以白细胞中度降低和非溶血性贫血最为常见健康搜索。约7%的患者出现血小板减少，且可相当严重。个别病例有明显出血倾向，甚至造成死亡。溶血性贫血少见，多为慢性病性贫血和缺铁性贫血。全血细胞减少也可见。
6.肾损害。肾损害发生率在11%左右，在伴盘状红斑及ANA阴性的患者较为少见。临床表现可有水肿、高血压蛋白尿、血尿和血清肌酐水平升高等，但很少有造成严重肾功能不全者。
7.其他神经系统损害少见。可表现为偏头痛、抽搐行为异常和幻觉等精神病症状也可出现器质性神经系统疾病表现，如外周神经炎、头痛、偏盲、感觉和活动障碍等。
患上结缔组织病患者的皮肤可以被捏起数厘米，但放开后恢复正常。5%的患者出现脊柱后侧凸，20%有胸部畸形。此外，结缔组织病的症状和体征的变化很大，取决于突变基因的特异性和核型的表现。
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