尖锐湿疣的临床治好标准是从去除疣体损害到创面愈合时开始，若超越半年尖锐湿疣没有复发，且鉴别检查呈阴性，则表示临床治好。
尖锐湿疣的预后一般良好，治好率较高。尖锐湿疣治好还会复发，一般复发常见于治疗后3个月内，随着时间的延长，病人传染性降低。如治疗后1年不复发，其传染性和复发的可能性就很小了。绝大部分尖锐湿疣病人在两年内可以达到临床治好。在感染两年后，绝大部分病人即便使用最敏感的检测方法，也检测不出该病毒。
尖锐湿疣可以并发恶性变。流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联。有报道说明5%~10%的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可呈现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15%阴茎癌、5%女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的。许多实验研讨也证明HPV、尖锐湿疣和生殖器癌三者之间是存在着因果关系的。
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