治疗非淋菌性尿道炎的关键一是在对致病菌准确检测的基础上尽快杀灭病原菌，全面消除炎症反应;二是采取综合治疗措施，阻止其可能的复发。预防非淋球菌性尿道炎并防止其死灰复燃，可采取以下预防措施：
1、排除焦虑心理，积极配合大夫治疗。
2、不饮酒，饮酒可以加重尿道的充血，使炎症更加急剧。
3、患者和性伴侣要同时检查，进行正规的治疗。
4、在性伴彻底治愈前避免性接触。
5、疗期多饮水，以降低尿的浓度，减轻对尿道的刺激。
6、避免婚外性交、制止性乱现象。
7、坚持正规治疗，避免半途而废，这对消灭传染源和预防合并症都有好处。疗前和疗后至少2周禁性交，这样有助于疾病的彻底痊愈。
8、在完成治疗后需做复查，以评定是否真正痊愈。
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