非淋菌性尿道炎这一命名要比非特异性尿道炎更为可取，因为非淋菌性尿道炎有其特定的病因，有的已经得到证实。也有人提出非特异性生殖道感染，包含了女性的某些在临床上不易确定的生殖道感染。
附睾炎是男性非淋菌性尿道炎的主要并发症，它的主要症状是附睾肿大、发硬且有触痛，如累及睾丸时可出现疼痛、触痛，阴囊水肿和输精管变粗等。从肿胀的附睾中抽取液体，有时可分离到衣原体。临床上常可见到附睾炎和尿道炎同时存在。并发前列腺炎时可有后尿道、会阴和肛门部位的重坠和钝痛感。疼痛可放射到横隔以下各个部位，在晨间较为明显。可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大的和有压痛的前列腺。
在急性期时，由于前列腺严重充血，肿大的腺体可造成尿道的梗阻症状如尿流变细、排尿无力、尿频和尿流中断等症状。在男性，系统性并发症及生殖器外器官的感染比较少见，常见的有急性滤泡性眼结膜炎、Reiter综合征(即尿道炎、多发性关节炎、结膜炎三联征)、眼色素膜炎和强直性脊柱炎等。有报告解脲支原体可吸附在精子上，抑制受精，造成生育力低下。
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