三个原因导致用药无效，癫痫病灶的异常放电或不能阻断异常放电的传播途径，以及不能降低大脑皮层的兴奋性，这些都使癫痫成为难治性癫痫。
一、特殊病因引起的症状性癫痫。如发育异常、脑肿瘤、脑外伤、脑血管病、各种代谢性疾病、缺氧、感染、寄生虫。这是因为颅内异常病灶的持续存在，导致癫痫灶异常放电不能用药物消除，即药物无法控制癫痫，而成为难治性癫痫。
二、难治性癫痫综合征。如婴儿痉挛症、颞叶内侧癫痫综合征等，这与病人的遗传和代谢有相当大的关系。严重的癫痫导致颅内某些结构，如海马、杏仁核等的异常，也可导致癫痫难治。
三、由于医治不当或人为因素造成的癫痫。1.医师指导不力、失误或患者不能够积极配合，导致一些患者发作了就吃药，不发作就停药，吃吃停停，使本来有效的药物也变成了无效，最后造成难治性癫痫。2.服用成分不明、没有国家批准文号的药。有的中药或中成药，里面掺杂多种西药，医生不按用药规范办事，造成成分交叉、重复用药，给以后的药物调整带来困难，造成难治性癫痫。3.听信偏方、秘方及江湖游医的误导，造成癫痫反复发作，对大脑的伤害不断加重，产生了精神和智能障碍，形成难治性癫痫。
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