克罗恩病的病因，克罗恩病的治疗方法很多，应该注意采取合适的方法治疗，目前对于克罗恩病的病因，也是没有一种较为明确的定义，但是现在一般是认为，克罗恩病的病因与下面的这些因素有一定的关系。
发生克罗恩病的病因是多方面的，应该注意这些病因。免疫系统由免疫细胞和免疫细胞产生的蛋白质组成。通常来说，这些免疫细胞和蛋白质能够保护我们的身体免受有害细菌、病毒、真菌和其他外来物质的侵略。激活免疫系统会导致严重组织内也发生激活。
发生克罗恩病的病因，现在正常情况下，免疫系统只有在身体内出现有害侵略物质的时候才会被激活，然而，在有些炎性肠病中，免疫系统会在没有察觉到有害侵略物质的时候反常地慢性地被激活。免疫系统持续的异常激活的结果就是导致慢性炎症和溃疡。容易异常激活的免疫系统是由于基因遗传，因此，有炎性肠病的人的第一级亲属(兄弟、姐妹、子女和家长)更容易患上这些疾病。
发生克罗恩病的病因，其他基因的发现和研究对于了解克罗恩氏病的发病原理方面也是很重要的，包括吞噬细胞的相关的ATG16/1基因和免疫相关鸟苷三磷酸酶，这两者都是对研究巨噬细胞的缺点和辨认全基因组关联很有贡献的。
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