颅底凹陷通常分为两类：原发性与继发性。前者指先天性畸形，较常见。常合并寰、枢椎畸形，寰枕融合，寰椎前弓、后弓或侧块发育不良，齿状突发育异常，以及所谓klippel-feil综合征等亦为常见的合并畸形。有时也可因为严重的佝偻病、骨质软化症、骨质疏松症、肾性骨病等因素造成颅底凹陷，因骨质变软，受头颅重力作用而下沉，引起颅底凹陷，称为继发性。本型极少见，其临床重要性远不如先天性重要。
颅底扁平是指后颅窝发育位置较高，即由蝶鞍中心至枕大孔前缘与鼻根至蝶鞍两线交角的基底角增大导致整个颅底平坦。在正常成人为132°～140°。基底角减少无临床意义，而增大则表示颅底发育畸形。
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