①皮下或粘膜下肛瘘
a、皮下瘘，是指原发内口在肛窦，瘘管在肛门管皮肤下或肛门周围皮肤下的浅在性肛瘘，外口距肛门很近。
b、粘膜下瘘，系指原发口在肛窦，瘘管在肛门管直肠粘膜下，皮肤外没有开口。
②内外括约肌间肛瘘
a、低位肌间瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿至内外肛门括约肌间隙，穿过外肛门括约肌皮下部的肛瘘。而瘘管走向直，只有一个外口的，称作单纯性低位肌间瘘。而走向弯曲，有支管的称为复杂性低位肌间瘘。
b、高位肌间瘘管：指内口在肛窦，瘘管至内外括约肌间向上发展的肛瘘。
③肛提肌下肛瘘
a、低位肌外瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿过肛门外括约肌浅部的肛瘘。向一侧坐骨间隙发展的称为单纯性低位肌外瘘。向两侧坐骨直肠间隙发展，形成像马蹄铁形状，肛门两侧都有外口的称为复杂性低位肌外瘘，又叫低位蹄铁形肛瘘。
b、高位肌外瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿过肛门外括约肌深部的肛瘘。向一侧坐骨直肠间隙发展的称为单纯性高位肌外瘘，向二侧坐骨直肠间隙发展的称为复杂性高位肌外瘘，又叫高位蹄铁形肛瘘。
④肛提肌上肛瘘指内口在肛窦或齿状线上方肛管直肠壁上，瘘管由肌间隙进入骨盆直肠间隙，穿过肛提肌的高位肛瘘。
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