对于肛瘘的症状的表现有很多：
1、排便不畅：这种症状是很多肛肠疾病的症状，如果复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，这样就导致了肛瘘患者排便困难，有便意不尽的感觉。
2、肛门瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成肛门湿疹，肛门瘙痒是肛瘘的主要症状，所以有很多肛瘘患者通常首先就会觉得肛门瘙痒。
3、疼痛：瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
4、全身症状：在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
5、流脓：是最主要的肛瘘的症状，脓液多少与瘘管长短和多少有关，新生成的瘘管，炎症反应大，流脓较多，脓液粘稠、黄色、有臭味;时间长久的排脓较少，或时有时无，脓液白色，稀淡如水;如忽然脓液增多，表示有新管生成
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