第三阶段(1～3月)经1～2阶段处理，效果较好的瘘口已愈合或稳定，因肠瘘较低对营养的影响不大，但瘘口不愈合时，应及时了解不愈合的因素，常见的原因：
①瘘口远端梗阻；②瘘管的组织已上皮化；③结肠粘膜与腹壁愈合，使瘘口呈唇状；④瘘口部有异物存在；⑤瘘口附近有脓肿引流不畅；⑥特殊感染或肿瘤存在。
这段时间重点是寻找瘘口不愈合的原因，控制腹腔内感染，尤其是肠壁间隙脓肿，高度怀疑时应及时剖腹探查引流脓肿。当然b型超声能检查证实时，可在其引导下行穿刺抽脓，注入抗生素，以解除手术中腹腔广泛粘连，易损伤肠管的顾虑。
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