新生儿和婴儿的解剖研究表明，耻骨直肠肌环位于肛门皮肤之上1.5cm左右的平面，厚约0.5～7mm。因此，可参照这些数据从x线所知直肠末端与耻骨直肠肌环的关系，更好地选择手术方法。我们认为闭锁在1.5cm以内者，用会阴手术可以解决。闭锁在1.5～2.5cm者用骶-会阴手术可以游离直肠得到足够的长度，并满意地显露修复提肛肌群和处理低位瘘管。部分病婴闭锁3.0cm亦可将直肠无张力地吻合于皮肤，而无须开腹。
低位先天性肛门闭锁无瘘或有皮肤瘘者给予会阴肛门成形术。术中放置导尿管，先用电刺激于肛门窝处，寻找外括约肌之中心点，作"+"形切开皮肤。用血管钳向深部分离，找到直肠盲端，并向上分离，使其无张力地与肛门皮肤吻合，在直肠盲端作"x"形切口，四周与括约肌固定数针，然后与皮下组织、皮肤间断缝合。
中位闭锁合并较大的会阴瘘或直肠舟状窝瘘（女性）行后纵入路肛门成形术。术中放置导尿管，骶部纵形切口，先用电刺激于肛门窝处，寻找外括约肌之中心点作"+"形切开皮肤。横形切断尾骨，用血管钳向深部分离，找到直肠盲端及瘘管，沿瘘管寻找环绕于尿道后方的耻骨直肠肌环，电刺激耻骨直肠肌环中心点，并向上分离直肠盲端，使其无张力地穿过耻骨直肠肌环中心点与肛门皮肤吻合，在直肠盲端作"x"形切口，四周与括约肌固定数针，然后与皮下组织、皮肤间断缝合。合并直肠尿道瘘两侧切断瘘管，分别给予结扎。
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