1.系统性红斑狼疮可有眼部病变、口腔溃疡及神经、心血管系统病变，但其病情进行性加重，并不呈周期发作性，而且le细胞、抗核抗体阳性，这些异常发现决不见于白塞病。可发生出血。
2.韦格内肉芽肿虽有眼部病变及多系统损伤，但其病情进行性恶化，肺部x线检查可见有变化多端的浸润影，有时可有空洞形成，组织病理特征为肉芽肿性血管炎，而且肾功能损害严重，无阴部溃疡，针刺试验阴性，很易与白塞病相鉴别。可发生出血。
3.结核性关节炎有时伴有结节性红斑，但无眼部损害及阴部溃疡，一般也无心血管及神经系统损害，抗结核治疗有效。虽然结核菌感染可引起白塞病，对抗痨治疗有效，但结核杆菌引起的白塞病不仅有结节性红斑和关节炎，而且还有血管系统、神经系统及黏膜改变，二者鉴别并不困难。可发生出血。
4.多发性大动脉炎当白塞病以血管病变为主要临床表现时，应与多发性大动脉炎相区别。后者主要表现为上肢或下肢无脉症，无口腔、阴部溃疡，组织病理改变为巨细胞动脉炎，无静脉改变，针刺反应阴性，很少有皮损。可发生出血。
5.克罗恩病肠道白塞病与克罗恩病有相似的临床表现，但仍应作为两种不同的疾病对待。不完全型肠道白塞病与克罗恩病都伴有口腔、会阴溃疡者，临床上不易鉴别。此时通过组织病理及血管造影可将两者加以区分开来。
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