肺脓肿应与下列疾病相鉴别：
1.细菌性肺炎
早期肺脓肿与细菌性肺炎在症状和胸部x线表现上很相似，细菌性肺炎中肺炎球菌肺炎最常见，常有口唇疱疹、咳铁锈色痰而无大量脓性痰。胸部x线显示肺叶或肺段炎变或片状淡薄性阴影，边缘模糊不清，但无脓腔形成。如细菌性肺炎经正规的抗生素治疗后高热不退、咳嗽加剧、并咳出大量脓痰时，应考虑肺脓肿可能。
2.空洞型肺结核
空洞型肺结核是一慢性病，起病缓慢，病程长，常有午后低热、乏力、盗汗，长期咳嗽、食欲减退或反复咯血等症状。胸部x线检查示空洞壁较厚，一般无液平面，其周围的炎性病变较少，可有不规则条索状斑点结节状病灶和钙化斑点，有时可伴有同侧或对侧结核播散灶。痰中可找到结核杆菌。继发感染时，亦可有急性感染症状和大量黄脓痰。应结合过去史，在治疗继发感染同时，反复查痰则可确诊。
3.支气管肺癌
支气管肺癌阻塞支气管可引起阻塞性肺炎及肺化脓性感染，形成肺脓肿。
其病程相对较长，脓痰量较少。由于支气管引流不畅，考试大网站阻塞性感染引起的炎症及发热多不易控制。因此对于40岁以上的、出现肺局部反复感染且抗生素疗效差的患者，要考虑有支气管肺癌所致阻塞性肺癌的可能。应常规作纤维支气管镜检查以明确诊断。支气管肺癌病变本身可发生坏死液化，形成空洞，即“癌性空洞”，但一般无急性感染症状，胸部x线片显示空洞壁较厚，多呈偏心空洞，残留的肿瘤组织使空洞内壁凹凸不平，空洞周围亦较少炎症浸润，可有肺门淋巴结肿大。故不难与肺脓肿鉴别，经纤维支气管镜肺组织活检或痰中找到癌细胞，则可确定诊断。
4.肺囊肿继发感染
肺囊肿继发感染时，其周围组织可有炎症浸润，囊肿内可见液平面，但炎症反应相对较轻，肺囊肿呈圆形，囊壁较薄而光滑，常无明显感染中毒症状和咳嗽较轻、咳脓痰较少。感染控制，炎症吸收后，可呈现光滑整洁的囊肿壁。若有感染前胸部x线片作比较，则更易确定诊断。
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