临床上，可以根据患者的症状、体征、尿培养等作出男性尿路感染的诊断。(1)症状：男性尿路感染分为尿路刺激症状(尿频、尿急、尿痛、排尿困难)和阻塞性症状(排尿延迟、夜尿、尿流缓慢和滴流)两大类。一般认为，阻塞性症状如果急剧出现并伴有菌尿症，可反映前列腺感染或炎性肿大。此外，菌尿症可引起前列腺、副睾、精囊或睾丸的感染，此时可依靠局部症状诊断。(2)体征：体检对疑诊的尿路感染有一定意义。通过对外生殖器的望诊和触诊，以判断有无尿道排出物、尿道口红斑、龟头炎症、阴茎损伤、副睾或睾丸肿大、压痛和腹股沟淋巴结肿大等。肛诊检查触诊前列腺，当有急性细菌性前列腺炎时，前列腺肿大、压痛。(3)尿培养：培养标本包括以下几类：①自然排放尿液：男性自然排出的尿液与女性不同，其污染率95%。需要指出的是：80年代以来，人们注意到尿路感染的致病菌发生了注目的变化，原先占绝大多数的大肠杆菌所占比例数减少，而过去较少见的肠球菌却逐年上升，特别是医院内感染者；二种细菌以上混合感染和真菌性尿路感染同样日益受到重视。
