结核病灶中的菌群不均一，初治结核菌中大部分对一线抗结核药物敏感，但有少量天然耐药菌，耐利福平发生的概率为10-8，异烟肼，链霉素和乙胺丁醇为10-6，如使用单一抗结核药物，敏感菌被杀灭，耐药菌大量生长而取代成为主要菌群，会造成临床耐药病例。联合用药具有交叉杀灭细菌的作用，可有效防止耐药的产生。此外，病灶中的结核菌的代谢状态也可影响的结果。现在普遍认为，结核病灶中存在4种不同状态的菌群，A群为持续生长繁殖菌，B群为间断繁殖菌，C群为酸性环境中半休眠状态菌，D群为完全休眠菌。一线抗结核药物并非对所有代谢状态的细菌有效，例如链霉素对C群菌完全无效，只有吡嗪酰胺对此菌群作用最强。B、C群结核菌可保持在体内很长时间，药物应使用足够的疗程才能杀灭。因此，如果使用的药物不当或者疗程不够时，B、C群结核菌往往不能被完全消灭，很容易造成复发。
小结：无论任何疾病都要从先确定菌群类型，才能对症用药的步骤开始的，确定了病的类型才能找出适合的医治方法。
